1995年10月，高淳外向型农业综合开发区经江苏省人民政府批准设立，资源开发面积320平方公里，起步区面积4.7平方公里。

　　2001年4月，高淳外向型农业综合开发区起步区因县城扩大改造、发展空间狭窄，经高淳县人民政府请示上级同意重新确定开发范围并启动建设，约为5平方公里（江苏高淳经济开发区前身）。

　　2004年9月，《高淳新区总体规划》经南京市人民政府批准实施，概念性规划面积42.25平方公里。远期规划建设用地29.5平方公里、近期建设用地11.9平方公里。

　　2006年5月，高淳外向型农业综合开发区顺利通过国家审核，并更名为江苏高淳经济开发区；10月，在首届“长三角最具投资价值开发区”评选中荣获“最具投资潜力”奖。