江苏高淳经济开发区经江苏省人民政府批准成立，2001年4月启动建设；2006年5月顺利通过国家审核，并由江苏省高淳外向型农业综合开发区更名为江苏高淳经济开发区。

　　2002年3月，经中共高淳县县级机关委员会同意，成立中共江苏省高淳外向型农业综合开发区支部委员会。2007年8月，为了进一步加强开发区党的领导，健全机关党组织建设，中共高淳县县级机关委员会决定在中共江苏省高淳外向型农业综合开发区支部委员会的基础上，成立中共江苏高淳经济开发区总支部委员会，下设机关支部、财政分局支部、招商局支部、经济发展局支部、建设环保局等五个支部。

　　中共江苏高淳经济开发区总支部委员会成立后，根据《党章》关于建立党组织的规定，逐步探索在非公经济组织内建立党组织。2008年6月，经中共高淳县县级机关委员会批复同意，成立了中共南京兆发科技实业有限公司支部、中共普霖克塑料制品（南京）有限公司支部、中共南京涵远服饰有限公司支部、中共南京融点食品科技有限公司支部、中共江苏源美竹木业有限责任公司、中共南京九康科技发展有限公司支部等6个企业党支部，并成立中共江苏高淳经济开发区企业联合支部，作为推进非公经济组织建立党组织的平台。2008年10月，成立开发区党员服务中心，进一步加强了对党组织的管理和服务。同时，积极与县内相关部门、镇沟通联系，按照“谁主管、谁负责”的原则，加快推进企业党组织建立。到2008年底，区内共建立企业党支部35个、在册党员230名，规模以上企业党组织建立实现100%全覆盖。

　　2009年2月，为进一步加强江苏高淳经济开发区党组织和党员的统一管理，充分发挥党组织的战斗堡垒作用和共产党员的先锋模范作用，增强党组织凝聚力和战斗力，有效推进开发区党建工作，扩大开发区党建工作覆盖面，更好地促进开发区又好又快发展，经中共高淳县委同意，成立中共江苏高淳经济开发区工作委员会，同步成立中共江苏高淳经济开发区纪律检查工作委员会，并将原开发区党总支及所属支部、党员整体划入。2009年6月，鉴于开发区管委会内设机构调整，为了加强江苏高淳经济开发区机关组织建设，中共江苏高淳经济开发区工作委员会报经中共高淳县委组织部同意，成立中共江苏高淳经济开发区机关总支部委员会，下设党政办公室党支部、招商局党支部、社会事业局党支部、规划建设局党支部、经济服务局党支部、财政局党支部、企业联合党支部等7个党支部。